Ну в разных эмуляторах по разному, попробую учесть все варианты) Находишь в меню эмулятора вкладку "Опции" или "Настройки" или "Options", выбираешь пункт "Установить кнопки/джойстик" или "Joypads" или "Configure keys", в открывшемся окне напротив Player 1 нажимаешь кнопку "Redefine keys", назначаешь нужные кнопки, нажимаешь ОК. Также для Player 2, если надо. По идее, эмуляторы (не все конечно) поддерживают и клавиатуру, и джойстики